O claustro que hoxe vemos é obra do santanderino Diego Ibáñez Pacheco, contratado en 1636 polo bispo Antonio de Valdés e o cabido.

Chama a atención o encanto e o misticismo deste espazo. O claustro actual é principalmente de estilo clásico. É dunha soa planta e forma un cadrado con galerías abertas que se abren ao patio a través dunha vintena de arcos de medio punto con columnas dóricas e de medio fuste entre elas. Na parte superior hai unha serie de acroterios embolados. Todo o conxunto está feito de pedra granítica. No tramo interior, as galerías están separadas por arcos transversais que descansan sobre simples pilastras lisas.

Do primitivo claustro do templo consérvase no centro o seu singular cruceiro gótico do século XV. O seu anverso está composto por un Cristo e o seu reverso por unha das máis curiosas representacións da Asunción da Virxe.

Nunha das súas paredes hai unha lápida de lousa que conmemora a visita do Papa San Xoán XXIII, sendo Cardeal Patriarca de Venecia. Angelo Guiseppe Roncalli, no marco do seu itinerario a Compostela, visitou a Catedral de Mondoñedo o 22 de agosto de 1954.