La Sacristía es obra del último gótico de principios del siglo XVI. Realizada bajo el mandato del Obispo Diego de Soto, consta de cuatro tramos de bóveda, tres de ellos divididos por arcos torales con complicadas nerviaturas.

El frontis de la sala cuenta con un retablo barroco dorado de dos cuerpos montados sobre una cajonería con lienzos de San Pedro, San Juan Evangelista y San Pablo, en el primer cuerpo, y de la Piedad, en el segundo. A ambos lados del retablo, en la parte superior, cuelgan dos cuadros de evangelistas. Éstos junto a otros dos emplazados en la pared opuesta de la sala forman parte de una serie de cuatro óleos sobre lienzo de la escuela italiana del siglo XVII que en su día trajo de Roma el Obispo Villafañe.

Los muros laterales de la sala están ocupados por dos largas cajonerías rococó muy bien conservadas sobre las que descansan predelas de madera jaspeada y rematada en floreritos de talla dorada. Sobre sus cajonerías destacan cuadros en cobre del taller de Rubens, de excelente colorido, inspirados en escenas del Antiguo Testamento y una excelente Inmaculada de alabastro.